調味品生產過程中存在的危害主要包括：生物性危害如黃曲霉毒素B1和細菌污染如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等；化學性危害如原料大豆和小麥在生長和貯存過程中使用的殺蟲劑、殺菌劑等農藥殘留，食品添加劑（如苯甲酸鈉、山梨酸鉀）、清潔消毒劑（如洗潔精、二氧化氯）、重金屬污染等；物理性危害如碎玻璃、砂石等，因此危害分析的預防措施應涉及從原料到調味品灌裝前的每一個步驟。

醬油、食醋、腐乳等釀造調味品是人們生活必需品，雖然原料不同，產品形態、風味各異但有近似的生產工藝流程，使其關鍵控制點有近似之處。

工藝流程：菌種（制曲）原料接收→原料處理→發酵→裝瓶（灌裝）→滅菌→成品　　 

1．原料接收 無論是制造醬油的豆粕、制造腐乳的大豆、制造食醋的淀粉質原料以及麩皮、小麥和各種輔料，都存在著農藥殘留、黃曲霉毒素、砂石、金屬等顯著危害。

2．原料處理 醬油生產在蒸料過程中，蒸鍋殘留的原料容易導致雜菌生長而污染下批原料腐乳加溫漿加溫溫度達不到標準容易產生雜菌。

3．菌種培養（制曲） 醬油、食醋制曲，腐乳在菌種培養過程中易被雜菌污染。 

4．發酵 發酵過程中易被雜菌污染（包括致病菌）。

5．灌裝 玻璃碎塊、金屬及其他異物。 

6．滅菌 醬油、食醋滅菌不徹底會被雜菌污染。

7．防腐劑 醬油、食醋添加防腐劑過量會對人體造成危害。